由于目前人們對蛋白藥物的結構與功能關系的研究有限，一般難以通過預先設計，改變個別氨基酸序列或修飾，以大幅度提高新蛋白質的活性，因此基于設計的蛋白質藥物改造難度很大，鮮有成功案例，尤其是在醫藥領域更如此；另外，即使可以通過篩選發現高親和力的蛋白質變異體，也不能確定蛋白質變異體在體內具有高的生物學活性。發現高活性的新蛋白，首先要產生盡可能多的蛋白質基因的變異體庫供篩選；其次，需要有篩選變異體庫中的高活性克隆的可行性技術，而不是分別通過繁雜的單個克隆的表達與純化，再測定各個變異體的活性，因為針對大量變異體，這種常規的技術路線的工作量將是無法想像；再者，篩選高活性蛋白變異體的體系與終點指標盡可能與體內活性具有高度相關性，而不僅僅是檢測變異體高的結合活性或親和力。